Tja, du kannst nicht alles haben.
1) Klassisches Multi-Device heißt, der Schlüssel zur ID ist auf allen Geräten vorhanden. Der Server kennt alle zur ID zugehörigen Devices und leitet eine Nachricht an alle Devices weiter. Die Synchronisierungsaufgabe liegt dann beim Server. Device-Leichen würden dazu führen, dass deine Daten lange auf dem Server verweilen. Du gibst außerdem Metadaten preis.
2) Den Sendern sind alle zu einer ID zugehörigen Devices und dessen Schlüssel bekannt. Die Nachricht wird direkt beim Sender mehrfach an diese Devices versendet. Device-Bekanntgebung muss dann entweder zentral auf dem Server oder dezentral E2EE per Control Messages erfolgen. Ob das dezentrale Modell vernünftig funktioniert, kannst du dir bei den Problemen mit Gruppennachrichten ausmalen.
3) Oder der Server sendet, wie bisher, alle Nachrichten an ein Device. Das Device muss dann dafür sorgen, dass die anderen Devices die Nachricht auch erhalten. Der Austausch könnte P2P erfolgen, wenn das Gerät online ist (diesen Ansatz verfolgt Threema mit dem Web-Client), alternativ klassisch über einen Server. Dann muss das andere Device nicht gleichzeitig online sein. Device-Leichen würden beim Server-Modell hier ebenfalls dazu führen, dass deine Daten lange auf dem Server verweilen. Die P2P-Variante gibt insgesamt die wenigsten Metadaten heraus und es gibt keine Nachrichten, die auf dem Server verweilen.
Wofür sich Threema letztendlich entscheidet, wird vermutlich auch davon abhängen, wie gut der Web-Client funktioniert.