Hallo Dago66,
das Backup scheint somti erst einmal vollständig zu sein.
contact.csv = es gibt 29 Einträge, wovon bei nur 3en Einträge in der Spalte "acid" existieren
Dann hast du 29 Kontakte, wovon 3 noch aktiv sind und mit einem Eintrag in deinem Adressbuch verknüpft werden konnten. Hat auf das Problem hier keine Auswirkungen.
groups.csv = leer [...] bis auf die Bezeichnungen
Passt.
identity.csv = nicht leer
settings.csv = "Version", "27"
Das ".csv" ist hoffentlich der Gewohnheit geschuldet und das Leerzeichen nach dem Komma ebenso statt ein Kopierfehler 
Kommen wir nochmal auf die Übertragung des Backups zurück: du prüfst und bearbeitest das Backup auf einem PC mit 7-Zip und überträgst die Datei dann wie auf das S25?
Vielleicht entsteht dabei ein Kopierfehler, den du mit Prüfsummen der Datei herausfinden kannst. Nachfolgend je 2 Möglichkeiten.
Am PC:
- Rechtsklick auf die Datei > 7-Zip > CRC SHA > SHA-256
- 7-Zip öffnen > Backup markieren > Datei > CRC > SHA-256
Am Handy:
- App "rar" (von RARLAB, im Google Play Store) installieren und öffnen > Backup markieren > 3-Punkte-Menü > Informationen > SHA-256
- App "MiXplorer" installieren und öffnen > Backup markieren > i-Button antippen > CHECKSUM klicken
Die Prüfsummen vom PC und Handy vergleichst du dann einmal und sollten sie unterschiedlich sein, liegt ein Kopierfehler vor. Sind sie identisch, ... dann gehen mir da auch langsam die Ideen aus.
PS: In Bezug auf die fehlerhafte nonces.csv: vielleicht wird sie von der Threema-App erwartet, wenn in der "nonce_counts.csv" der erste Wert ("csp") nicht 0 ist. Das wäre noch eine spontane Idee.